2016年10月19日，國務院法制辦網站公布了《食品安全法實施條例》（修訂草案送審稿），開始向社會公開征求意見，征求意見截止到2016年11月19日。食品伙伴網標法組此前已經對送審稿和現行條例做了比對研究，發現一些特別之處，本次主要是和國家食藥總局此前發布的草案進行比較。
1、信息公開的要求
增加了以下條款：
國務院衛生行政部門會同國務院食品藥品監督管理、質量監督、農業行政等部門制定國家食品安全風險監測計劃，并向社會公開（第八條）。
省級以上人民政府食品藥品監督管理部門會同同級有關部門根據食品安全風險評估結果、食品安全監督管理信息，對食品安全狀況進行綜合分析，對經綜合分析可能具有較高程度安全風險的食品，省級以上人民政府食品藥品監督管理部門應當及時提出食品安全風險警示，并向社會公布（第十九條）。
國務院衛生行政部門應當會同國務院食品藥品監督管理、質量監督、農業行政等部門制定食品安全國家標準規劃及其年度實施計劃，并向社會公開（第二十二條）。
制定食品安全國家標準應當向社會公開征求意見，并對反映較為集中的意見的處理結果予以公布（第二十三條）。
具備相關復檢資質的復檢機構應當積極承擔復檢任務，公正、規范地開展復檢活動，不得拒絕或者推脫復檢任務。一年內2次無故不承接復檢任務，即取消復檢資質，并向社會公布（第一百零九條）。
2、食品追溯的要求
增加了以下條款：
食品生產經營者應當建立食品安全追溯體系。保健食品、特殊醫學用途配方食品、嬰幼兒配方食品、肉制品、乳制品、食用植物油、白酒等生產經營企業應當采用信息化手段推進追溯體系建設（第三十九條）。
國務院食品藥品監督管理部門會同國務院農業行政、質量監督等部門明確食品安全全程追溯基本要求，制定食品安全全程數據采集指標、傳輸格式、接口規范及編碼規則等，實現數據互聯互通，信息共享（第四十條）。
鼓勵食品行業協會等社會第三方投資建設追溯信息平臺，采用市場化方式引導食品生產經營者建立追溯體系，為企業建立追溯體系提供專業服務（第四十一條）。
3、特殊食品的管理
刪除了以下條款：
保健食品生產企業必須具備與生產品種和規模相適應的產品出廠檢驗能力。
同一注冊證書或者備案號的保健食品應當使用同一商標。
保健食品、特殊醫學用途配方食品、嬰幼兒配方食品以外的其他食品標簽不得標注定量食用、每日規定食用量。
增加了以下條款：
從事保健食品預混料、提取物等生產加工并對外銷售的生產者納入保健食品生產許可管理（第三十一條）。
食品經營者銷售實行備案管理的保健食品、嬰幼兒配方食品，應當查驗備案憑證，核對標簽和說明書的信息與食品藥品監督管理部門網站公布的信息是否一致（第四十八條）。
保健食品只能標注注冊證書批準的保健功能（第八十條）。
首次進口的屬于補充維生素、礦物質等營養物質的保健食品，其營養物質應當是列入保健食品原料目錄的物質（第八十四條）。
申請人對特殊醫學用途配方食品中特定全營養配方食品提出注冊申請的，應當開展臨床試驗，并提交臨床試驗報告（第九十二條）。
特殊醫學用途配方食品生產企業應當按照食品安全國家標準規定的檢驗項目對出廠產品進行逐批檢驗（第九十三條）。
嬰幼兒配方食品的產品名稱、標簽應當真實規范、科學準確、通俗易懂、清晰易辨，如實標注原料的具體來源，不得含有虛假、夸大或者絕對化語言，不得進行含量聲稱和功能聲稱。嬰幼兒配方食品的廣告不得進行含量和功能宣傳。嬰幼兒配方乳粉產品配方注冊時，應當對嬰幼兒配方乳粉的標簽、說明書與產品注冊配方內容的一致性予以審查（第九十五條）。
同一集團公司的已經獲得嬰幼兒配方乳粉產品配方注冊及生產許可的全資子公司可以使用集團公司內另一全資子公司已經注冊的嬰幼兒配方乳粉產品配方。組織生產前，集團公司應當向國務院食品藥品監督管理部門提交書面報告（第九十六條）。
保健食品、特殊醫學用途配方食品、嬰幼兒配方乳粉的企業標準已經納入產品配方、生產工藝等技術要求的，可以不進行企業標準備案。省級以上人民政府衛生行政部門應當在企業標準備案后15個工作日內在其網站上公布備案的企業標準，供公眾免費查閱、下載。食品生產企業應當公開所執行的企業標準，供公眾查詢和監督（第二十七條）。
4、食品生產經營的要求
刪除了以下條款：
以電話、會議、講座等形式銷售食品的，應當依法取得食品經營許可。
食品添加劑經營者應當建立食品添加劑銷售臺賬制度，如實記錄所銷售食品添加劑名稱、規格、數量、生產日期或者生產批號、保質期、銷售日期以及購貨者名稱、地址、聯系方式等內容，并保存相關憑證。記錄和憑證保存期限應當符合食品安全法第五十條第二款的規定。食品添加劑經營者應當在取得營業執照后30個工作日內向所在地縣級人民政府食品藥品監督管理部門備案。
增加了以下條款：
食品生產經營者應當在取得的食品生產經營許可范圍內從事生產經營活動，不得超范圍生產經營（第三十三條）。
食品生產經營者可以委托第三方專業機構定期對本單位的食品安全狀況進行檢查和評價。
第三方專業機構應當具備相應的食品安全專業檢查評價能力，并對其出具的檢查評價結論的真實性負責（第四十五條）。
食品生產者應當綜合考慮產品特性、工藝特點、原料控制情況等因素，確定出廠檢驗項目。法律、法規、規章、食品安全國家標準另有規定的，從其規定（第四十七條）。
