一、指標分類方法的調整
根據水質指標的特點，將指標分類由“常規指標和非常規指標”調整為“常規指標和擴展指標”，修改后指標分類表述更確切，避免了歧義的產生。其中，常規指標指反映生活飲用水水質基本狀況的水質指標；擴展指標指反映地區生活飲用水水質特征及在一定時間內或特殊情況下水質狀況的指標。
二、指標數量及分類的調整
標準正文中的水質指標由106項調整到97項，常規指標43項、擴展指標54項。附錄A（資料性）水質參考指標由28項調整到55項。根據水質指標的監測意義、檢出情況及濃度水平，調整了部分指標的分類。
1、增加了2項擴展指標：高氯酸鹽（0.07 mg/L）、乙草胺（0.0003 mg/L）；
2、刪除了1項常規指標：耐熱大腸菌群；
3、調整2項參考指標為擴展指標：2-甲基異茨醇、土臭素；
4、調整4項常規指標為擴展指標：陰離子合成洗滌劑、揮發酚類（以苯酚計）、四氯化碳、硒；
5、調整7項非常規指標為常規指標；氨（以 N 計）、三溴甲烷、三氯乙酸、三鹵甲烷（三氯甲烷、一氯二溴甲烷、二氯一溴甲烷、三溴甲烷的總和）、二氯乙酸、二氯一溴甲烷、一氯二溴甲烷；
6、調整1項常規指標為參考指標：甲醛；
7、調整11項非常規指標（擴展指標）為參考指標：三氯乙醛、硫化物、氯化氰（以CN-計)、六六六（總量)、對硫磷、甲基對硫磷、林丹、滴滴涕、1,1,1-三氯乙烷、1,2-二氯苯和乙苯；
8、新增17項參考指標：釩、敵百蟲、甲基硫菌靈、稻瘟靈、氟樂靈、甲霜靈、西草凈、乙酰甲胺磷、甲醛、亞硝基二甲胺、碘乙酸、全氟辛酸、全氟辛烷磺酸、二甲基二硫醚、二甲基三硫醚、碘化物、鈾、鐳-226；
三、指標限值的調整
根據水質指標的監測意義以及在人群健康效應或毒理學方面最新的研究成果，結合我國的實際情況，調整了10項指標的限值，具體見下表。
| 序號 | 名稱 | 原指標 | 修訂指標 |
| 1 | 氟化物 | 1.0mg/L，小型集中式供水和分散式供水為1.2mg/L | ≤1.5mg/L |
| 2 | 游離氯 | 4mg/L | 2mg/L |
| 3 | 氯乙烯 | 0.005 mg/L | 0.001mg/L |
| 4 | 三氯乙烯 | 0.07 mg/L | 0.02 mg/L |
| 5 | 硝酸鹽（以N計） | 0.07 mg/L | 0.02 mg/L |
| 6 | 渾濁度 | 1NTU | 1NTU, 小型集中式供水因水源與凈水技術限制時，暫按3NTU執行 |
| 7 | 高錳酸鹽指數（以O2計） | 3mg/L當原水耗氧量>6mg/L時可放寬至5mg/L | 3mg/L |
| 8 | 樂果 | 0.08mg/L | 0.006mg/L |
| 9 | 甲基對硫磷 | 0.02mg/L | 0.009mg/L |
| 10 | 石油類(總量) | 0.3mg/L | 0.05mg/L |
四、指標名稱的調整
根據水質指標表達的涵義，調整了3項指標的名稱：
1、耗氧量(CODMn法，以O2計)的修改為高錳酸鹽指數（以 O2 計）；
2、氨氮（以 N 計）修改為氨（以 N 計）；
3、二溴乙烯修改為1,2-二溴乙烷。
五、內容新增和刪除
1、增加了總β放射性指標進行核素分析評價前扣除40K的要求及微囊藻毒素-LR指標的適用情況等。
2、刪除小型集中式供水和分散式供水部分水質指標及限值的暫行規定；
3、刪除涉及飲用水管理方面的內容。
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