近日，中國農業科學院果樹研究所蘋果資源與育種創新團隊，聯合新西蘭植物與食品研究所，以及中國農業科學院鄭州果樹研究所等相關科研人員，從全基因組層面上闡釋了蘋果轉座子（TE）在調控ASE方面的重要作用，相關研究成果發表在《植物生物技術雜志（Plant Biotechnology Journal）》。
轉座子引發的遺傳變異會導致物種表型多樣性與生物進化，在蘋果基因組中轉座元件（transposable elements, TE）的比例高達近60%。蘋果由于自交不親和導致其基因組高度雜合，個體中存在大量的等位基因，但轉座子插入對等位基因特異表達的調控機制卻知之甚少。
該研究以“嘎拉”蘋果花培純系為試材，完成了全基因組測序和組裝，并進一步利用“皇家嘎拉”花和果實的轉錄組測序數據，在全基因組范圍內鑒定到2091個等位基因特異性表達（allele-specific expression, ASE）。
將存在TE的ASE基因序列進行分析，發現蘋果花青素生物合成轉錄因子MYB110a和MYB10上游區域均存在TE插入。通過對231份蘋果種質進行分析發現，兩個MYB基因上游區域的TE插入與等位基因特異表達和花青苷積累呈正相關，揭示了蘋果花色演化的基礎。
該研究不僅在全基因組層面上闡釋了TE在調控ASE方面的重要作用，同時，也為在全基因組范圍內快速鑒定植物種ASE基因及其調控元件提供了新的方法。
日期：2022-08-02
轉座子引發的遺傳變異會導致物種表型多樣性與生物進化，在蘋果基因組中轉座元件（transposable elements, TE）的比例高達近60%。蘋果由于自交不親和導致其基因組高度雜合，個體中存在大量的等位基因，但轉座子插入對等位基因特異表達的調控機制卻知之甚少。
該研究以“嘎拉”蘋果花培純系為試材，完成了全基因組測序和組裝，并進一步利用“皇家嘎拉”花和果實的轉錄組測序數據，在全基因組范圍內鑒定到2091個等位基因特異性表達（allele-specific expression, ASE）。
將存在TE的ASE基因序列進行分析，發現蘋果花青素生物合成轉錄因子MYB110a和MYB10上游區域均存在TE插入。通過對231份蘋果種質進行分析發現，兩個MYB基因上游區域的TE插入與等位基因特異表達和花青苷積累呈正相關，揭示了蘋果花色演化的基礎。
該研究不僅在全基因組層面上闡釋了TE在調控ASE方面的重要作用，同時，也為在全基因組范圍內快速鑒定植物種ASE基因及其調控元件提供了新的方法。
日期：2022-08-02
