發酵罐的應用涉及到其細菌的復雜控制，控制其他細菌在發酵過程的影響。如果發酵過程污染細菌，會嚴重影響發酵過程，導致發酵過程的產量下降，更嚴重的可能會導致整個發酵過程的失敗，發酵產品不能滿足的需求，整個發酵過程的失敗。因此我們要注意采取滅菌操作。由于工業操作的特點，發酵罐滅菌傳統普遍采用濕熱滅菌法。
然而，發酵罐采用濕熱滅菌法，也存在一些弊端，因為影響濕熱滅菌的主要因素有：微生物的種類與數量、蒸汽的性質、產品性質和滅菌時間等。例如采用流通蒸氣滅菌法：是指在常壓條件下，采用100攝氏度流通蒸氣加熱殺滅微生物的方法，滅菌時間通常為30-60分鐘。該法適用于消毒以及不耐高熱制劑的滅菌，但不能保證殺滅所有芽孢，是非可靠的滅菌方法。
所以說，發酵罐滅菌，對芽孢的殺滅是一個難點。芽孢本身的特質是：含水率接近40% ，較低的水分是其能夠抵御外界不良因素的主要原因，其次具有多糖類構成的致密孢子壁，是抵御不良物質的屏障，在萌發后會變成細胞壁芽孢在化學成分上也與其營養細胞有差異，尤其是芽孢中含有營養細胞所沒有的DPA-Ca(吡啶二羧酸鈣)，該物質會使芽孢中的生命大分子物質形成穩定而耐熱性強的凝膠，其耐熱性隨著DPA-Ca的消失而消失，被認為是芽孢耐熱的主要根源。
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