1月5日，由內蒙古農業大學作為唯一單位完成的“內蒙古人腸道菌群的高質量基因組簡編”（A high-quality genome compendium of the human gut microbiome of Inner Mongolians）研究成果作為封面文章發表于微生物領域國際頂級期刊《Nature Microbiology》（2023, 8: 150-161）。本文第一作者為食品科學與工程學院2018級博士研究生靳昊，2022級博士研究生全柯諭和何秋雯助理研究員為共同第一作者，張和平教授和孫志宏研究員為通訊作者。
大量數據已證實腸道菌群在人類健康和疾病中扮演著重要角色。然而，目前地球上超過99%的微生物仍未被培養，被稱為“暗物質”，對微生物組研究是一個重大挑戰。近年來，基于非培養策略下的宏基因組學分箱技術，為各種自然生態位中大量尚未被培養的微生物提供了參考基因組，使得有機會對這些“暗物質”有基本的認識。然而，當下參差不齊的基因組質量和非典型地區人群樣本的缺乏極大地限制了對暗物質更深入的理解。
該研究基于一項益生菌（Probio-M8）發酵乳人群干預實驗，采用超深度混合宏基因組測序方法，直接從志愿者腸道微生物組中組裝出Probio-M8基因組，以此評估了組裝的準確性，建立高質量基因組組裝流程。基于分箱的宏基因組分析策略和方法，構建了內蒙古人腸道高質量基因組數據庫（IMGG），包括802個環狀、完整基因組（CMAG）和5927個高質量基因組，顯著提升了基因組元素的分辨率和質量，包括核糖體RNA操縱子（rrn）、代謝基因簇、前噬菌體和插入序列（IS），并首次報道了未培養物種的rrn拷貝數，以及超過12000個未知的腸道前噬菌體及其功能特征，IS元素在腸道細菌中的分布情況，重新認識了這些被嚴重低估的區域在腸道微生物組研究中的潛在重要性，為內蒙古人腸道菌群與健康的深入研究奠定了數據基礎。
日期：2023-01-08
大量數據已證實腸道菌群在人類健康和疾病中扮演著重要角色。然而，目前地球上超過99%的微生物仍未被培養，被稱為“暗物質”，對微生物組研究是一個重大挑戰。近年來，基于非培養策略下的宏基因組學分箱技術，為各種自然生態位中大量尚未被培養的微生物提供了參考基因組，使得有機會對這些“暗物質”有基本的認識。然而，當下參差不齊的基因組質量和非典型地區人群樣本的缺乏極大地限制了對暗物質更深入的理解。
該研究基于一項益生菌（Probio-M8）發酵乳人群干預實驗，采用超深度混合宏基因組測序方法，直接從志愿者腸道微生物組中組裝出Probio-M8基因組，以此評估了組裝的準確性，建立高質量基因組組裝流程。基于分箱的宏基因組分析策略和方法，構建了內蒙古人腸道高質量基因組數據庫（IMGG），包括802個環狀、完整基因組（CMAG）和5927個高質量基因組，顯著提升了基因組元素的分辨率和質量，包括核糖體RNA操縱子（rrn）、代謝基因簇、前噬菌體和插入序列（IS），并首次報道了未培養物種的rrn拷貝數，以及超過12000個未知的腸道前噬菌體及其功能特征，IS元素在腸道細菌中的分布情況，重新認識了這些被嚴重低估的區域在腸道微生物組研究中的潛在重要性，為內蒙古人腸道菌群與健康的深入研究奠定了數據基礎。
日期：2023-01-08
