4月9日，西北農林科技大學動科學院姜雨教授團隊在《Journal of Genetics and Genomics》發表題為“GGVD: a goat genome variation database for tracking the dynamic evolutionary process of selective signatures and ancient introgressions”論文，發布了國際上首個同時整合古代、現代和野生近源物種的基因組資源構建的山羊遺傳變異數據庫。博士后付瑋瑋為第一作者，姜雨教授為通訊作者。
山羊遺傳變異數據庫 （GGVD） 內容和構建流程 （上） 以及COL4A4基因滲入示例 （下）
目前，已有大量古代和現代家山羊及其野生近源種的基因組信息，為解析山羊的適應性滲入，挖掘群體和品種受選擇的功能基因，追溯關鍵基因的演化歷史提供了契機。該研究通過收集這些資源，經過分析和處理，為用戶提供了7個功能模塊，分別為：1.“基因組選擇信號”檢索；2.“滲入區間”瀏覽；3.“變異”檢索；4. 基因組瀏覽器；5. 比對工具（BLAT/BLAST）；6. 基因組坐標轉換工具（liftOver）；7. 基因組選擇信號掃描工具（pcadapt）。用戶可以輸入基因名、基因組區間或位點，以曼哈頓圖或折線圖查看受選區，以地圖映射的方式可視化變異在不同分組中的頻率，或通過基因型熱圖追溯變異位點的時空分布狀態，鑒定可能的滲入來源。使用該數據庫可以大幅度提高解析山羊演化歷史、篩選功能基因和功能位點的效率，從而為分子育種奠定基礎。
該研究還列舉了一系列基因來闡述數據庫的功能。例如，除先前報道的來自“西高加索tur”的野羊滲入基因MUC6外，還發現與阿米巴病相關的COL4A4基因與山羊馴化有關。通過數據檢索和可視化，發現COL4A4基因的滲入來源為伊比利亞野山羊支系，至少在8100年前的歐洲羊中就已存在。該結果為基因滲入在山羊馴化過程中發揮的作用提供了另一個范例。
原文鏈接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1673852721000801?via%3Dihub
日期：2021-04-20
山羊遺傳變異數據庫 （GGVD） 內容和構建流程 （上） 以及COL4A4基因滲入示例 （下）
目前，已有大量古代和現代家山羊及其野生近源種的基因組信息，為解析山羊的適應性滲入，挖掘群體和品種受選擇的功能基因，追溯關鍵基因的演化歷史提供了契機。該研究通過收集這些資源，經過分析和處理，為用戶提供了7個功能模塊，分別為：1.“基因組選擇信號”檢索；2.“滲入區間”瀏覽；3.“變異”檢索；4. 基因組瀏覽器；5. 比對工具（BLAT/BLAST）；6. 基因組坐標轉換工具（liftOver）；7. 基因組選擇信號掃描工具（pcadapt）。用戶可以輸入基因名、基因組區間或位點，以曼哈頓圖或折線圖查看受選區，以地圖映射的方式可視化變異在不同分組中的頻率，或通過基因型熱圖追溯變異位點的時空分布狀態，鑒定可能的滲入來源。使用該數據庫可以大幅度提高解析山羊演化歷史、篩選功能基因和功能位點的效率，從而為分子育種奠定基礎。
該研究還列舉了一系列基因來闡述數據庫的功能。例如，除先前報道的來自“西高加索tur”的野羊滲入基因MUC6外，還發現與阿米巴病相關的COL4A4基因與山羊馴化有關。通過數據檢索和可視化，發現COL4A4基因的滲入來源為伊比利亞野山羊支系，至少在8100年前的歐洲羊中就已存在。該結果為基因滲入在山羊馴化過程中發揮的作用提供了另一個范例。
原文鏈接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1673852721000801?via%3Dihub
日期：2021-04-20
