一、化學消毒
常用的有甲醛（35～40%的甲醛水溶液）、過氧化氫、次氯酸鈉等，其中過氧化氫使用較多，濃度3%，消毒時間0.5小時以上。常用化學消毒劑見下表：
注：如企業采用化學消毒方法，應當規定消毒后殘留的化學消毒劑的沖洗方法。
二、臭氧消毒
目前在純化水系統中能連續去除細菌和病毒的最好方法，但需在使用點前安裝紫外線燈。適用于純化水管道的消毒。
三、紫外線消毒
波長200nm～300nm的紫外線有較強的殺菌能力，在253.7nm的光線效果最好，安裝位置離使用點越近越好，其后安裝除菌級濾器。可與熱消毒法或化學消毒法配合使用，有利于過氧化氫和臭氧的降解。
注：紫外燈滅菌的光強隨時間衰減，應當有光強度檢驗或時間記錄儀，以便定期清洗或更換紫外燈管。
四、巴氏消毒（熱力消毒）
純化水系統采用，較少見。一般保持管道系統內60～80℃的溫度，30～60分鐘。適用于活性炭過濾器、軟化器和儲存循環管路。
五、蒸汽消毒
蒸汽消毒水管系統要能用純蒸汽（如121℃，0.2 MPa）滅菌。儲罐/管道須有滅菌、消毒接口，若采用蒸汽滅菌，應當設置足夠的疏水器。適用于耐壓容器和管道。
特別說明
石英砂、活性炭過濾器的沖洗更換、樹脂的再生、濾芯/濾膜（保安過濾器的濾芯、反滲透膜等）、在線滅菌部件的更換等等的保養頻次以部件生產廠商規定的為依據，可依據制水系統的使用頻次和制水量的大小等因素進行維護保養頻次的規定，并形成驗證文件。
水系統的儲水桶、輸送管道的清洗、消毒或滅菌等清洗消毒操作后，需對制備的工藝用水進行檢驗，驗證清洗消毒的效果，形成清洗、消毒或滅菌有效性的驗證報告。
常用的有甲醛（35～40%的甲醛水溶液）、過氧化氫、次氯酸鈉等，其中過氧化氫使用較多，濃度3%，消毒時間0.5小時以上。常用化學消毒劑見下表：
| 消毒劑 | 有效濃度 | 作用時間 |
| 非膜系統 | - | - |
| 次氯酸鈉 | 100-200ppm | 30-60min |
| 膜系統 | - | - |
| 過氧化氫 | 3-5ppm | 30min |
| 過氧乙酸 | 1.00% | 30min |
| 甲醛 | 0.50% | 30min |
| 異噻唑啉哃 | 50ppm | 120min |
注：如企業采用化學消毒方法，應當規定消毒后殘留的化學消毒劑的沖洗方法。
二、臭氧消毒
目前在純化水系統中能連續去除細菌和病毒的最好方法，但需在使用點前安裝紫外線燈。適用于純化水管道的消毒。
三、紫外線消毒
波長200nm～300nm的紫外線有較強的殺菌能力，在253.7nm的光線效果最好，安裝位置離使用點越近越好，其后安裝除菌級濾器。可與熱消毒法或化學消毒法配合使用，有利于過氧化氫和臭氧的降解。
注：紫外燈滅菌的光強隨時間衰減，應當有光強度檢驗或時間記錄儀，以便定期清洗或更換紫外燈管。
四、巴氏消毒（熱力消毒）
純化水系統采用，較少見。一般保持管道系統內60～80℃的溫度，30～60分鐘。適用于活性炭過濾器、軟化器和儲存循環管路。
五、蒸汽消毒
蒸汽消毒水管系統要能用純蒸汽（如121℃，0.2 MPa）滅菌。儲罐/管道須有滅菌、消毒接口，若采用蒸汽滅菌，應當設置足夠的疏水器。適用于耐壓容器和管道。
特別說明
石英砂、活性炭過濾器的沖洗更換、樹脂的再生、濾芯/濾膜（保安過濾器的濾芯、反滲透膜等）、在線滅菌部件的更換等等的保養頻次以部件生產廠商規定的為依據，可依據制水系統的使用頻次和制水量的大小等因素進行維護保養頻次的規定，并形成驗證文件。
水系統的儲水桶、輸送管道的清洗、消毒或滅菌等清洗消毒操作后，需對制備的工藝用水進行檢驗，驗證清洗消毒的效果，形成清洗、消毒或滅菌有效性的驗證報告。
