一、有的常委委員和地方、部門提出，應強化農產品質量安全宣傳教育和技術培訓，提高全社會農產品質量安全意識。憲法和法律委員會經研究，建議增加以下規定：一是新聞媒體應當開展農產品質量安全法律、法規和農產品質量安全知識的公益宣傳，對違法行為進行輿論監督；二是農業技術推廣等機構應當依法為農戶等農產品生產經營者提供農產品檢測技術服務以及農業技術宣傳教育、培訓等服務。（修訂草案二次審議稿第十一條第二款、第三十五條第三款）
二、有些常委會組成人員和部門、全國人大代表、社會公眾建議，進一步壓實有關主體的農產品質量安全責任。憲法和法律委員會經研究，建議作以下修改：一是規定國家支持農產品產地冷鏈物流基礎設施建設，健全有關冷鏈物流標準、服務規范和監管保障機制，相關企業應當依照法律、法規和有關標準，保證冷鏈物流的農產品質量安全；二是恢復現行法第三十七條農產品批發市場、農產品銷售企業有關農產品質量安全責任的規定，并與部門監管職責相銜接；三是對通過網絡平臺銷售農產品的農產品經營者和平臺經營者的農產品質量安全責任作出銜接性規定。（修訂草案二次審議稿第三十四條、第三十八條、第四十一條）
三、修訂草案第三十九條規定，農產品生產企業、農民專業合作社對其銷售的食用農產品應當開具承諾合格證；從事農產品收購的單位或者個人應當收取并保存承諾合格證。有些常委委員和部門、社會公眾提出，總結承諾達標合格證制度試點經驗，應區分情況，增加相關責任主體，按照法律法規規定，對生豬、生鮮乳應實行更嚴的監管措施。憲法和法律委員會經研究，建議對修訂草案作以下修改：一是增加規定，食品生產者和餐飲服務提供者應當按照規定收取并保存承諾達標合格證，從事農產品收購的單位或者個人對其收購的農產品分裝后銷售的，應當按照規定開具承諾達標合格證；二是考慮到行政法規對生豬的質量安全實行更嚴格的檢驗檢疫管理，對特定畜禽產品的質量安全合格證明材料作出相應銜接性規定；三是增加農產品批發市場開辦者應當查驗承諾達標合格證的規定；四是增加規定，農業農村主管部門應當做好承諾達標合格證有關工作的指導服務和日常監督檢查，并完善有關法律責任。
同時，修訂草案明確建立食用農產品質量安全追溯制度，并授權國務院農業農村主管部門會同有關部門制定追溯目錄、承諾合格證管理辦法。本法主要調整適用食用農產品的質量安全管理，修訂草案擬不具體區分食用農產品、非食用農產品而實行不同的監管措施，可在授權制定的具體管理辦法中作出進一步規定。（修訂草案二次審議稿第四十條、第四十二條第一款、第五十三條第一款、第七十五條、第七十七條、第七十九條）
四、有些常委委員和地方、部門提出，總結實踐經驗和做法，需要明確加強農業農村、市場監督管理部門的工作協調配合。憲法和法律委員會經研究，建議在修訂草案第七十七條關于農業農村、市場監督管理部門執法分工的基礎上，增加規定：農業農村、市場監督管理等有關部門應當建立健全農產品質量安全全程監督管理工作機制，加強收購、儲存、運輸過程中農產品質量安全監管的協調配合和執法銜接。（修訂草案二次審議稿第四十六條）
此外，還對修訂草案作了一些文字修改。
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