中國水產科學研究院南海所在藍子魚染色體基因組研究方面取得新進展

近日，中國水產科學研究院南海水產研究所院級卵形鯧鲹遺傳育種創新團隊和深遠海養殖技術與品種開發創新團隊在藍子魚染色體基因組研究方面取得新進展。相關研究成果分別以《Chromosome-scale genomes of ecologically and economically important rabbitfish Siganus guttatus and Siganus oramin》和《 Chromosome-level genome assembly and annotation of the White-spotted spinefoot Siganus canaliculatus》為題發表在國際基因組學領域權威期刊《Genomics》（JCR二區，IF=3.4，冼霖助理研究員和黃小林助理研究員為第一作者，張殿昌研究員與李啟業副研究員為通訊作者）、國際科學數據共享領域知名期刊《Scientific Data》（JCR一區，IF=5.8，黃小林助理研究員和冼霖助理研究員為第一作者，張殿昌研究員與李潮副教授為通訊作者）。
 
　　本研究綜合運用了多種組學技術，成功構建了黃斑藍子魚和點斑藍子魚的染色體水平基因組圖譜。采用Pacbio長讀長測序、Hi-C染色質構象捕獲測序、Iso-seq和RNA-seq等技術，對黃斑藍子魚和點斑藍子魚進行了基因組測序和組裝，獲得的基因組具有較高的完整性和連續性，其中黃斑藍子魚基因組大小為547.39 Mb，點斑藍子魚基因組大小為642.4 Mb；結合從頭預測、同源比對和轉錄組輔助等方法，對基因組進行了全面的注釋，包括重復序列注釋、非編碼RNA預測和蛋白質編碼基因預測；對兩種藍子魚的基因組進行了比較基因組分析，并與其他魚類物種進行了進化關系分析，以研究其食性和棲息地的進化適應機制。
 
　　本研究首次提供了高質量的藍子魚染色體水平基因組資源，為藍子魚的遺傳育種、種質資源保護和相關基礎生物學研究奠定了重要基礎。獲取的基因組信息將加速藍子魚的分子標記開發和基因組選擇育種技術的應用，從而為培育優良品種助力。基因組數據可用于評估野生種群的遺傳多樣性，指導保護區的科學規劃，為藍子魚的可持續管理提供理論支撐。基因組資源將促進對藍子魚遺傳分化機制、適應性進化和重要經濟性狀分子機制的深入研究。這一成果為后續種群遺傳學、保護基因組學和分子育種研究提供了關鍵資源，有望推動藍子魚養殖業的可持續發展和相關科學研究的進步。
 
　　本研究獲得南鋒專項農業農村部重大財政專項、廣東省鄉村振興戰略專項資金種業振興項目資金（2022SBH00002）、深圳市科技計劃知識創新基礎研究項目（JCYJ20170817103922921）、亞洲合作資金-中國與南海周邊國家現代漁業合作、國家自然科學基金（32300366）、中國水產科學研究院中央級公益性科研院所基本科研業務費專項資金資助（NO.2023TD93）等項目資助。
 
　　全文獲取鏈接：
 
　　https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0888754325000230
 
　　https://www.nature.com/articles/s41597-025-04844-w



日期：2025-04-10