近日，中國農業科學院鄭州果樹研究所桃遺傳育種團隊首次集成桃基因組、表觀遺傳組、群體遺傳變異及多維度表型數據，并深度整合基因編輯設計與全基因組關聯分析等工具，發布桃多組學數據庫PeachMD。該研究為推動桃分子育種和功能基因組學研究提供數據支持。相關研究成果發表在《分子園藝（Molecular Horticulture）》上。
當前，桃遺傳育種研究產生了海量的基因組、轉錄組、表觀遺傳組等多維度數據。如何高效整合和深度挖掘這些龐大復雜的數據，是研究者面臨的關鍵挑戰。
該數據庫系統整合了桃研究的多組學資源。其中，基因組方面整合12個桃基因組，支持基因組間比較分析。轉錄組方面匯集329個轉錄組數據集，涵蓋不同組織與發育階段。表觀遺傳組方面包含102個全基因組甲基化測序數據。群體變異與表型數據方面整合1313份桃種質資源基因組數據和關聯的13類關鍵農藝性狀表型。
該數據庫不僅包含大量數據，更提供了強大的分析功能。便捷檢索功能支持通過基因ID、啟動子、蛋白結構域等多種方式查詢基因信息。基因比較工具可以方便用戶在不同參考基因組間進行基因位置轉換比對。育種研究工具將基因編輯靶點設計與全基因組關聯分析工具聯動，覆蓋從基因挖掘到分子設計育種的完整流程。數據庫顯著提升了數據獲取與分析的效率，將有力推動桃功能基因組學深入研究和分子育種技術的加速發展。
該研究得到了國家自然科學基金、中國農業科學院科技創新工程等項目資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1186/s43897-025-00157-z
日期：2025-07-10
當前，桃遺傳育種研究產生了海量的基因組、轉錄組、表觀遺傳組等多維度數據。如何高效整合和深度挖掘這些龐大復雜的數據，是研究者面臨的關鍵挑戰。
該數據庫系統整合了桃研究的多組學資源。其中，基因組方面整合12個桃基因組，支持基因組間比較分析。轉錄組方面匯集329個轉錄組數據集，涵蓋不同組織與發育階段。表觀遺傳組方面包含102個全基因組甲基化測序數據。群體變異與表型數據方面整合1313份桃種質資源基因組數據和關聯的13類關鍵農藝性狀表型。
該數據庫不僅包含大量數據，更提供了強大的分析功能。便捷檢索功能支持通過基因ID、啟動子、蛋白結構域等多種方式查詢基因信息。基因比較工具可以方便用戶在不同參考基因組間進行基因位置轉換比對。育種研究工具將基因編輯靶點設計與全基因組關聯分析工具聯動，覆蓋從基因挖掘到分子設計育種的完整流程。數據庫顯著提升了數據獲取與分析的效率，將有力推動桃功能基因組學深入研究和分子育種技術的加速發展。
該研究得到了國家自然科學基金、中國農業科學院科技創新工程等項目資助。
原文鏈接：https://doi.org/10.1186/s43897-025-00157-z
日期：2025-07-10
