近日，中國農業科學院植物保護研究所作物線蟲與細菌病害監測與防控創新團隊成功破譯了小麥菲利普孢囊線蟲（ Heterodera flipjevi ）高質量基因組，該研究對于解析菲利普孢囊線蟲的致病和寄主適應性機制具有重要指導意義，相關研究結果發表在Nature旗下著名學術期刊《Scientific Data》。
小麥孢囊線蟲是一類嚴重威脅小麥等禾谷類作物的重要病原線蟲，其中危害最為嚴重的種類為禾谷孢囊線蟲（ H. avenae ）和菲利普孢囊線蟲。2009年，菲利普孢囊線蟲首次在我國河南被發現，近年來，隨著農業生產集約化和機械化的發展，目前已經快速擴擴散至河北、山東、山西、安徽、江蘇和新疆等地，在河南部分地區造成大面積冬前死苗，對小麥生產造成嚴重威脅。
本研究綜合運用HiSeq、PacBio、10?×？Genomics測序數據和Hi-C輔助組裝技術，組裝出菲利普孢囊線蟲染色體基因組134.19Mb，Scaffold N50達到11.88Mb，組裝掛載9條染色體上。注釋獲得蛋白編碼基因10,036個，占總預測蛋白數的75.20%。通過比較基因組學分析，篩選獲得65個菲利普孢囊線蟲特有的效應蛋白基因，其中3個與其只能寄生單子葉作物密切相關。該研究為菲利普孢囊線蟲的首個染色體水平的基因組，也是小麥孢囊線蟲的首個高質量基因組。該研究為菲利普孢囊線蟲的生物學研究和防控新靶標篩選提供了有價值的基因組資源。
中國農業科學院植物保護研究所博士后姚珂、河南農業大學副教授崔江寬為論文共同第一作者，中國農業科學院植物保護研究所彭煥研究員、諾禾致源王強輝博士為論文共同通訊作者。該研究得到國家重點研發計劃（2021YFD1400100）、國家自然科學基金（32302328、31972247）、第一批新疆維吾爾自治區重點人才計劃和中國農業科學院科技創新項目的資助。
文章鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03487-7
日期：2024-06-24
小麥孢囊線蟲是一類嚴重威脅小麥等禾谷類作物的重要病原線蟲，其中危害最為嚴重的種類為禾谷孢囊線蟲（ H. avenae ）和菲利普孢囊線蟲。2009年，菲利普孢囊線蟲首次在我國河南被發現，近年來，隨著農業生產集約化和機械化的發展，目前已經快速擴擴散至河北、山東、山西、安徽、江蘇和新疆等地，在河南部分地區造成大面積冬前死苗，對小麥生產造成嚴重威脅。
本研究綜合運用HiSeq、PacBio、10?×？Genomics測序數據和Hi-C輔助組裝技術，組裝出菲利普孢囊線蟲染色體基因組134.19Mb，Scaffold N50達到11.88Mb，組裝掛載9條染色體上。注釋獲得蛋白編碼基因10,036個，占總預測蛋白數的75.20%。通過比較基因組學分析，篩選獲得65個菲利普孢囊線蟲特有的效應蛋白基因，其中3個與其只能寄生單子葉作物密切相關。該研究為菲利普孢囊線蟲的首個染色體水平的基因組，也是小麥孢囊線蟲的首個高質量基因組。該研究為菲利普孢囊線蟲的生物學研究和防控新靶標篩選提供了有價值的基因組資源。
中國農業科學院植物保護研究所博士后姚珂、河南農業大學副教授崔江寬為論文共同第一作者，中國農業科學院植物保護研究所彭煥研究員、諾禾致源王強輝博士為論文共同通訊作者。該研究得到國家重點研發計劃（2021YFD1400100）、國家自然科學基金（32302328、31972247）、第一批新疆維吾爾自治區重點人才計劃和中國農業科學院科技創新項目的資助。
文章鏈接：https://doi.org/10.1038/s41597-024-03487-7
日期：2024-06-24
