草莓（Fragaria）具有重要的經濟和營養價值。現代八倍體栽培草莓（F. × ananassa）起源于兩個八倍體野生種弗州草莓（F. virginiana）和智利草莓（F. chiloensis）的種間雜交。然而，由于草莓屬系統發育解析涉及未知的祖先，同源染色體交換和不完全譜系分選等問題，學術界至今關于八倍體草莓的二倍體祖先的問題仍存在較大爭議。此外，關于八倍體草莓在馴化過程中的亞基因組的同源偏向性表達及轉變模式并不明確。
近日，中國科學院昆明植物研究所中國西南野生生物種質庫云南省作物野生近緣種現代組學朱安丹專題組，解析了八倍體草莓的起源和遺傳分化特征。該研究提出了一套適用于多倍體的ALLHiC迭代掛載流程，構建了兩個八倍體野生草莓智利草莓（F. chiloensis）和弗州草莓（F. virginiana）染色體水平的高質量分型基因組。研究基于kmer-based的方法完成了八倍體草莓亞基因組的分離，并在此基礎上采用不同的分析方法（如phylogeny-free、genetic distance matrix等）重新追溯了八倍體草莓的二倍體祖先，糾正了國外學者在亞基因組分配上錯誤，并進一步確定了森林草莓（F. vesca）和飯沼草莓（F. iinumae）是八倍體草莓是現存的二倍體祖先種。此外，研究還探討了八倍體草莓在馴化過程中的同源偏向性表達分化，并基于空間四聯體方法完成了八倍體草莓的靜態和動態的同源偏向性分析，鑒定到一些重要的轉錄因子在馴化過程中發生了表達偏倚/轉變。
相關研究成果以Haplotype-resolved genomes of wild octoploid progenitors illuminate genomic diversifications from wild relatives to cultivated strawberry為題，在線發表在《自然-植物》（Nature Plants）上。研究工作得到國家重點研發計劃和國家自然科學基金等的資助。該研究由昆明植物所、美國內布拉斯加大學和云南省農業科學院花卉研究所合作完成。
日期：2023-08-08
近日，中國科學院昆明植物研究所中國西南野生生物種質庫云南省作物野生近緣種現代組學朱安丹專題組，解析了八倍體草莓的起源和遺傳分化特征。該研究提出了一套適用于多倍體的ALLHiC迭代掛載流程，構建了兩個八倍體野生草莓智利草莓（F. chiloensis）和弗州草莓（F. virginiana）染色體水平的高質量分型基因組。研究基于kmer-based的方法完成了八倍體草莓亞基因組的分離，并在此基礎上采用不同的分析方法（如phylogeny-free、genetic distance matrix等）重新追溯了八倍體草莓的二倍體祖先，糾正了國外學者在亞基因組分配上錯誤，并進一步確定了森林草莓（F. vesca）和飯沼草莓（F. iinumae）是八倍體草莓是現存的二倍體祖先種。此外，研究還探討了八倍體草莓在馴化過程中的同源偏向性表達分化，并基于空間四聯體方法完成了八倍體草莓的靜態和動態的同源偏向性分析，鑒定到一些重要的轉錄因子在馴化過程中發生了表達偏倚/轉變。
相關研究成果以Haplotype-resolved genomes of wild octoploid progenitors illuminate genomic diversifications from wild relatives to cultivated strawberry為題，在線發表在《自然-植物》（Nature Plants）上。研究工作得到國家重點研發計劃和國家自然科學基金等的資助。該研究由昆明植物所、美國內布拉斯加大學和云南省農業科學院花卉研究所合作完成。
日期：2023-08-08
