8月2日，華中農業大學匡漢暉教授研究團隊以“Loss-of-function of SAWTOOTH 1 affects leaf dorsiventrality genes to promote leafy heads in lettuce”為題在The Plant Cell上發表了研究論文。該研究克隆了控制生菜結球的新基因LsSAW1，發現其可以下調近軸基因和上調遠軸基因以促進生菜結球發育。
課題組前期已克隆了首個控制生菜結球的基因LsKN1（Lactuca sativa KNOTTED 1），其上調表達會促進葉球發育，但僅有LsKN1是不夠的。在前期研究基礎上，作者成功構建了一個結球與不結球表型分離的F5群體，且在該群體中，結球是隱性性狀，結球個體近軸部分的細胞排列紊亂。利用BSA與RNA-seq分析，作者發現該群體中結球性狀是由LHL1位點獨立控制的，經過圖位克隆與序列分析，作者發現LHL1位點中LG4_402589外顯子上存在一個堿基的缺失，導致無法翻譯出完整的蛋白，該基因與擬南芥SAW1同源，命名為LsSAW1。經過反向遺傳學驗證，作者證實了LHL1位點就是LsSAW1，其功能缺失（Lssaw1）對生菜結球的發育起到關鍵作用。
關于LsSAW1如何調控生菜結球發育，作者通過原位雜交發現LsSAW1主要在不結球植株葉片的近軸部表達，但在結球植株葉片的任何部位都檢測不到它的表達，作者推測這種低表達可能由啟動子的SNP引起，也可能是由外顯子的突變引起。通過RNA-seq作者發現參與葉背腹極性有關，于是作者進一步分離了葉片近軸與遠軸細胞進行RNA-seq，發現生長素信號與生長控制相關基因在在Lssaw1植株的DEGs中顯著富集。進一步分析近軸與遠軸部的差異基因發現，Lssaw1下調了近軸基因，上調了遠軸基因，從而促進了生菜葉球的發育。
為了證實Lssaw1通過調節近軸與遠軸基因促進葉球發育的假說，作者選擇了一個近軸基因LsAS1進行進一步分析，發現LsAS1主要在不結球植株葉片的近軸部表達，而Lssaw1突變體中表達量顯著下降。通過CHIP-seq，酵母單雜以及EMSA實驗均證實了LsSAW1與LsAS1的啟動子結合，Lssaw1下調LaAS1的表達，遺傳實驗也表明LaAS1下調會促進葉球發育，上調則會抑制葉球發育。作者對遠軸面基因LsYAB1進行類似的實驗發現，在Lssaw1突變體中LsYAB1的抑制作用減弱，有助于葉球發育。
作者希望通過酵母篩庫來找到與LsSAW1一起調控葉片背腹性的蛋白，結果發現LsSAW1與之前研究的LsKN1存在互作，進一步研究發現，LsSAW1與LsKN1在葉球發育中的作用是相互拮抗的。例如LsSAW1可以直接與LsAS1啟動子結合并上調其表達，同時減弱LsKN1對LsAS1的抑制作用，再次證實了Lssaw1可以直接和間接下調LsAS1的表達促進葉球發育。此外LsSAW1的同源基因LsSAW2在Lssaw1背景下過表達同樣可以導致生菜不結球，但是一般情況下由于LsSAW2表達水平過低，導致其無法發揮冗余作用。
作者對488份生菜野生祖先進行重測序發現，竟然沒有一份材料在Lssaw1中有一個堿基的缺失，但在21個現代品種中出現了這種突變，表明Lssaw1突變是人類馴化（好吃）的結果。體現出該突變對生菜育種以及葉球發育的重要性。
華中農業大學安光輝博士為論文第一作者，加州大學戴維斯分校Dean Lavelle與Richard W. Michelmore也參與該項研究，Elizabeth Georgian與康春穎教授對文章提出寶貴建議。本研究得到國家自然科學基金的資助。
英文摘要：
The mechanisms underlying leafy heads in vegetables are poorly understood. Here, we cloned a quantitative trait locus （QTL） controlling leafy heads in lettuce （Lactuca sativa）。 The QTL encodes a transcription factor, SAWTOOTH 1 （LsSAW1）， which has a BEL1-like homeodomain and is a homolog of Arabidopsis thaliana. A 1-bp deletion in Lssaw1 contributes to the development of leafy heads. Laser-capture microdissection and RNA-sequencing showed that LsSAW1 regulates leaf dorsiventrality and loss-of-function of Lssaw1 downregulates the expression of many adaxial genes but upregulates abaxial genes. LsSAW1 binds to the promoter region of the adaxial gene ASYMMETRIC LEAVES 1 （LsAS1） to upregulate its expression. Overexpression of LsAS1 compromised the effects of Lssaw1 on heading. LsSAW1 also binds to the promoter region of the abaxial gene YABBY 1 （LsYAB1）， but downregulates its expression. Overexpression of LsYAB1 led to bending leaves in LsSAW1 genotypes. LsSAW1 directly interacts with KNOTTED 1 （LsKN1）， which is necessary for leafy heads in lettuce. RNA-seq data showed that LsSAW1 and LsKN1 exert antagonistic effects on the expression of thousands of genes. LsSAW1 compromises the ability of LsKN1 to repress LsAS1. Our results suggest that downregulation or loss-of-function of adaxial genes and upregulation of abaxial genes allow for the development of leafy heads.
論文鏈接：https://academic.oup.com/plcell/advance-article/doi/10.1093/plcell/koac234/6653310
日期：2022-08-11
課題組前期已克隆了首個控制生菜結球的基因LsKN1（Lactuca sativa KNOTTED 1），其上調表達會促進葉球發育，但僅有LsKN1是不夠的。在前期研究基礎上，作者成功構建了一個結球與不結球表型分離的F5群體，且在該群體中，結球是隱性性狀，結球個體近軸部分的細胞排列紊亂。利用BSA與RNA-seq分析，作者發現該群體中結球性狀是由LHL1位點獨立控制的，經過圖位克隆與序列分析，作者發現LHL1位點中LG4_402589外顯子上存在一個堿基的缺失，導致無法翻譯出完整的蛋白，該基因與擬南芥SAW1同源，命名為LsSAW1。經過反向遺傳學驗證，作者證實了LHL1位點就是LsSAW1，其功能缺失（Lssaw1）對生菜結球的發育起到關鍵作用。
關于LsSAW1如何調控生菜結球發育，作者通過原位雜交發現LsSAW1主要在不結球植株葉片的近軸部表達，但在結球植株葉片的任何部位都檢測不到它的表達，作者推測這種低表達可能由啟動子的SNP引起，也可能是由外顯子的突變引起。通過RNA-seq作者發現參與葉背腹極性有關，于是作者進一步分離了葉片近軸與遠軸細胞進行RNA-seq，發現生長素信號與生長控制相關基因在在Lssaw1植株的DEGs中顯著富集。進一步分析近軸與遠軸部的差異基因發現，Lssaw1下調了近軸基因，上調了遠軸基因，從而促進了生菜葉球的發育。
為了證實Lssaw1通過調節近軸與遠軸基因促進葉球發育的假說，作者選擇了一個近軸基因LsAS1進行進一步分析，發現LsAS1主要在不結球植株葉片的近軸部表達，而Lssaw1突變體中表達量顯著下降。通過CHIP-seq，酵母單雜以及EMSA實驗均證實了LsSAW1與LsAS1的啟動子結合，Lssaw1下調LaAS1的表達，遺傳實驗也表明LaAS1下調會促進葉球發育，上調則會抑制葉球發育。作者對遠軸面基因LsYAB1進行類似的實驗發現，在Lssaw1突變體中LsYAB1的抑制作用減弱，有助于葉球發育。
作者希望通過酵母篩庫來找到與LsSAW1一起調控葉片背腹性的蛋白，結果發現LsSAW1與之前研究的LsKN1存在互作，進一步研究發現，LsSAW1與LsKN1在葉球發育中的作用是相互拮抗的。例如LsSAW1可以直接與LsAS1啟動子結合并上調其表達，同時減弱LsKN1對LsAS1的抑制作用，再次證實了Lssaw1可以直接和間接下調LsAS1的表達促進葉球發育。此外LsSAW1的同源基因LsSAW2在Lssaw1背景下過表達同樣可以導致生菜不結球，但是一般情況下由于LsSAW2表達水平過低，導致其無法發揮冗余作用。
作者對488份生菜野生祖先進行重測序發現，竟然沒有一份材料在Lssaw1中有一個堿基的缺失，但在21個現代品種中出現了這種突變，表明Lssaw1突變是人類馴化（好吃）的結果。體現出該突變對生菜育種以及葉球發育的重要性。
華中農業大學安光輝博士為論文第一作者，加州大學戴維斯分校Dean Lavelle與Richard W. Michelmore也參與該項研究，Elizabeth Georgian與康春穎教授對文章提出寶貴建議。本研究得到國家自然科學基金的資助。
英文摘要：
The mechanisms underlying leafy heads in vegetables are poorly understood. Here, we cloned a quantitative trait locus （QTL） controlling leafy heads in lettuce （Lactuca sativa）。 The QTL encodes a transcription factor, SAWTOOTH 1 （LsSAW1）， which has a BEL1-like homeodomain and is a homolog of Arabidopsis thaliana. A 1-bp deletion in Lssaw1 contributes to the development of leafy heads. Laser-capture microdissection and RNA-sequencing showed that LsSAW1 regulates leaf dorsiventrality and loss-of-function of Lssaw1 downregulates the expression of many adaxial genes but upregulates abaxial genes. LsSAW1 binds to the promoter region of the adaxial gene ASYMMETRIC LEAVES 1 （LsAS1） to upregulate its expression. Overexpression of LsAS1 compromised the effects of Lssaw1 on heading. LsSAW1 also binds to the promoter region of the abaxial gene YABBY 1 （LsYAB1）， but downregulates its expression. Overexpression of LsYAB1 led to bending leaves in LsSAW1 genotypes. LsSAW1 directly interacts with KNOTTED 1 （LsKN1）， which is necessary for leafy heads in lettuce. RNA-seq data showed that LsSAW1 and LsKN1 exert antagonistic effects on the expression of thousands of genes. LsSAW1 compromises the ability of LsKN1 to repress LsAS1. Our results suggest that downregulation or loss-of-function of adaxial genes and upregulation of abaxial genes allow for the development of leafy heads.
論文鏈接：https://academic.oup.com/plcell/advance-article/doi/10.1093/plcell/koac234/6653310
日期：2022-08-11
