近日，Plant Biotechnology Journal雜志在線發表了題為“BnTIR: an online transcriptome platform for exploring RNA‐seq libraries for oil crop Brassica napus”的文章，提供了涵蓋油菜苗期、開花期、成熟期三個階段，共91個組織樣本的轉錄組數據，并以此為基礎搭建了油菜轉錄信息資源數據庫BnTIR（http://yanglab.hzau.edu.cn/BnTIR）。該研究工作由華中農業大學油菜團隊和生物信息團隊共同完成。
據了解，油菜作為我國最重要的油料作物之一，種植面積常年穩居世界第一，產業集觀賞、蜜源、生態、經濟作物等多種功能于一身。菜籽油是我國傳統的食用油，占國產植物油總量的40%以上，被認為是最有利于身體健康的食用油之一。油菜基因組測序的完成，極大地推動了油菜基礎研究的進展，基因組測序技術廣泛應用和測序數據的積累，為研究人員挖掘重要的功能基因提供了便利。在過去的十年時間里，研究者鑒定了數以百計的控制油菜重要農藝性狀的遺傳位點。但我們對于這些位點的主效基因及其分子機制的了解非常有限。系統全面的基因表達信息有助于研究者們快速挖掘候選基因、分析目標基因的表達特征，為基因的功能研究提供相應的基礎和支撐。因此，一套系統的，覆蓋油菜全生育期、全組織的高分辨率轉錄組數據將會極大地促進油菜遺傳育種和基因功能研究。
在該研究中，研究者基于高質量的轉錄組，建立了BnTIR數據庫，該數據庫集合了基因表達信息查詢、eFP可視化、基因共表達網絡、基因組瀏覽器等功能模塊，并提供了基因ID轉換、序列比對、序列提取、轉錄因子家族以及熱圖繪制等工具，為研究者提供了一個方便快捷、功能全面的信息獲取平臺。另外，數據中還包括了油菜發育中種子26個時間點的基因表達譜，這對于油菜種子發育過程相關研究具有重要意義。
華中農業大學信息學院博士研究生劉東旭、碩士研究生魏璐露和植物科學技術學院博士研究生余良倩為該文章共同第一作者。華中農業大學郭亮教授、楊慶勇副教授、戴成副教授和魯少平副研究員為該文章共同通訊作者。周永明教授和王學敏教授參與了項目指導。本研究得到了國家重點研發計劃（2017YE0104800, 2016YFD0101000）、111計劃（B20051）等項目的支持。
日期：2021-07-21
據了解，油菜作為我國最重要的油料作物之一，種植面積常年穩居世界第一，產業集觀賞、蜜源、生態、經濟作物等多種功能于一身。菜籽油是我國傳統的食用油，占國產植物油總量的40%以上，被認為是最有利于身體健康的食用油之一。油菜基因組測序的完成，極大地推動了油菜基礎研究的進展，基因組測序技術廣泛應用和測序數據的積累，為研究人員挖掘重要的功能基因提供了便利。在過去的十年時間里，研究者鑒定了數以百計的控制油菜重要農藝性狀的遺傳位點。但我們對于這些位點的主效基因及其分子機制的了解非常有限。系統全面的基因表達信息有助于研究者們快速挖掘候選基因、分析目標基因的表達特征，為基因的功能研究提供相應的基礎和支撐。因此，一套系統的，覆蓋油菜全生育期、全組織的高分辨率轉錄組數據將會極大地促進油菜遺傳育種和基因功能研究。
在該研究中，研究者基于高質量的轉錄組，建立了BnTIR數據庫，該數據庫集合了基因表達信息查詢、eFP可視化、基因共表達網絡、基因組瀏覽器等功能模塊，并提供了基因ID轉換、序列比對、序列提取、轉錄因子家族以及熱圖繪制等工具，為研究者提供了一個方便快捷、功能全面的信息獲取平臺。另外，數據中還包括了油菜發育中種子26個時間點的基因表達譜，這對于油菜種子發育過程相關研究具有重要意義。
華中農業大學信息學院博士研究生劉東旭、碩士研究生魏璐露和植物科學技術學院博士研究生余良倩為該文章共同第一作者。華中農業大學郭亮教授、楊慶勇副教授、戴成副教授和魯少平副研究員為該文章共同通訊作者。周永明教授和王學敏教授參與了項目指導。本研究得到了國家重點研發計劃（2017YE0104800, 2016YFD0101000）、111計劃（B20051）等項目的支持。
日期：2021-07-21
