宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序即利用測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以分析微生物群體的基因組成及功能，解讀微生物群體的多樣性和豐度，探索微生物與環境及宿主之間的關系，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。目前，第二代高通量測序技術在宏基因組的研究上已被廣泛應用。與傳統方法相比，基于高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率，從而極大地促進了宏基因組學的發展。
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