環境微生物群落多樣性分析，基于Roche 454 FLX +、Illumina MiSeq等第二代高通量測序平臺，對核糖體RNA高變區域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如細菌和古菌的氨氧化酶基因進行測序，揭示環境樣品中眾多不同類型微生物種類以及它們之間的相對豐度和進化關系。探討微生物多樣性，對于研究微生物與環境的關系、環境治理和微生物資源利用有著重要的理論和現實意義。
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