2016年11月10日，臺灣地區“財政部關務署”發布臺關業字第1051023523號令，修正“物流中心貨物通關作業規定”第十點、第十二點、第十七點，自即日生效。
十、課稅區貨物進儲物流中心，由物流中心填具“國內貨物進（出）單”，登錄計算機后進儲，列為非保稅貨物；或由物流中心與課稅區業者聯名填具出口報單（D1課稅區售與或退回保稅倉），經完成通關后進儲。
十二、原由課稅區以“國內貨物進（出）單”進儲物流中心的貨物，配銷課稅區者，由物流中心填具“國內貨物進（出）單”并登錄計算機后運出，由物流中心計算機自動勾稽銷案。
原由課稅區以出口報單（D1課稅區售與或退回保稅倉）申報進儲物流中心的貨物，配銷課稅區者，由納稅義務人填具進口報單（D2保稅貨出保稅倉進口），向物流中心轄區海關申報，經通關放行，物流中心憑放行通知訊息打印“貨柜（物）運送單（兼出進站放行準單）”運出。
十七、進儲物流中心貨物退貨時的申報如下：
（一） 退回課稅區者，依第十二點規定辦理。退回保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、保稅倉庫或其他物流中心者，填具進口報單（D7保稅倉相互轉儲或運往保稅廠）。退回境外者，由物流中心或貨物持有人填具出口報單（D5保稅倉貨物出口）。
（二） 退回保稅區者應依該保稅區原規定存倉期限辦理。
進儲物流中心的保稅貨物，如已無商業銷售價值者，可由物流中心取具貨物所有權人書面同意，填具進口報單（D2保稅貨出保稅倉進口），向轄區海關申報。海關查核確無商業銷售價值者監視其銷毀除帳。銷毀后如有剩余價值者，應依其剩余價值補稅后運入課稅區。
日期：2016-11-14
十、課稅區貨物進儲物流中心，由物流中心填具“國內貨物進（出）單”，登錄計算機后進儲，列為非保稅貨物；或由物流中心與課稅區業者聯名填具出口報單（D1課稅區售與或退回保稅倉），經完成通關后進儲。
十二、原由課稅區以“國內貨物進（出）單”進儲物流中心的貨物，配銷課稅區者，由物流中心填具“國內貨物進（出）單”并登錄計算機后運出，由物流中心計算機自動勾稽銷案。
原由課稅區以出口報單（D1課稅區售與或退回保稅倉）申報進儲物流中心的貨物，配銷課稅區者，由納稅義務人填具進口報單（D2保稅貨出保稅倉進口），向物流中心轄區海關申報，經通關放行，物流中心憑放行通知訊息打印“貨柜（物）運送單（兼出進站放行準單）”運出。
十七、進儲物流中心貨物退貨時的申報如下：
（一） 退回課稅區者，依第十二點規定辦理。退回保稅工廠、加工出口區、科學工業園區、保稅倉庫或其他物流中心者，填具進口報單（D7保稅倉相互轉儲或運往保稅廠）。退回境外者，由物流中心或貨物持有人填具出口報單（D5保稅倉貨物出口）。
（二） 退回保稅區者應依該保稅區原規定存倉期限辦理。
進儲物流中心的保稅貨物，如已無商業銷售價值者，可由物流中心取具貨物所有權人書面同意，填具進口報單（D2保稅貨出保稅倉進口），向轄區海關申報。海關查核確無商業銷售價值者監視其銷毀除帳。銷毀后如有剩余價值者，應依其剩余價值補稅后運入課稅區。
日期：2016-11-14
