圓山藥的病菌，多附著在種薯上越冬，為了防止病害的發生，應對種薯進行消毒；否則，病菌很易從切割的斷面侵入，造成腐爛和缺苗。
在一般的情況下，種薯應原封貯存越冬。春季栽植前進行種薯切塊時，除保持菜刀、籮筐、席子、菜板、盆子等器具的清潔衛生外，可將種薯放入福爾馬林80倍液中浸泡20分鐘。然后，將種薯放在席子上晾2～3小時，再搬到室內暗處放1天，以蒸散多余的水分。
在切割種薯時，應盡量多帶種薯皮層，避免傷害皮層，以求發芽整齊一致。種薯切塊后，再放入福爾馬林80倍液中消毒20分鐘，然后置陰涼處散去水分。最后，在斷面涂草木灰或消石灰。這樣，在種薯切割前后，兩次用福爾馬林消毒，效果很好。也可進行熱處理消毒，即在48℃（最高不能超過050℃）的溫水浸種40分鐘，可使線蟲等死亡。
