番茄適宜分苗1～2次，以1次較為普遍。番茄苗不宜進行多次分苗的主要原因：
一、容易傷根 因為分苗次數越多，對根系的傷害也就越重，容易造成根系過早老化。
二、形成老化苗 分苗次數過多，根系始終得不到充分擴展，吸收能力較弱，導致幼苗生長因營養供應不足而受到抑制，當幼苗生長受抑制的時間過長，便會形成老化苗。
三、延長育苗期 實踐證明，番茄每分一次苗，由于分苗前的煉苗以及栽苗后的緩苗等原因，培育出同樣大小的番茄苗，育苗時間就要相應延長5～8天，在環境條件不適宜時，延長的時間更長。
四、對番茄苗的其他傷害 如分苗過程中小苗容易受到饑餓傷害；在花芽分化期里進行分苗，會對花芽分化產生不良影響。
