木瓜蛋白酶，是一種蛋白水解酶，可將抗體分子水解為3個片段。是番木瓜中含有的一種低特異性蛋白水解酶，活性中心含半胱氨酸，屬巰基蛋白酶，應用于啤酒及食品工業。本品為乳白色至微黃色粉末，具有木瓜特有的氣味,稍具有吸濕性。水解蛋白質能力強,但幾乎不能分解蛋白胨，易溶于水,甘油,不溶于一般的溶劑,耐熱性強。由木瓜制得的商品酶制劑中，含有如下三種酶：(1)木瓜蛋白酶，分子量21000，約占可溶性蛋白質的l0%； (2)木瓜凝乳蛋白酶，分子量36000，約占可溶性蛋白質的45%；(3)溶菌酶，分子量25000，約占可溶性蛋白質的20%。可利用酶促反應，使食品大分子的蛋白質水解成小分子肽或氨基酸。用于水解動植物蛋白、制成嫩肉粉、水解羊胎素、水解大豆、餅干松化劑、面條穩定劑、啤酒飲料澄清劑、口服液、、醬油釀造及酒類發酵劑等。有效轉化蛋白質的利用，大大提高食品營養價值，降低成本。有利于人體的消化和吸收
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