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公司基本資料信息
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北京寶杰羅生物科技有限公司
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研究對象：
樣品來源：土壤、海洋、活性污泥、動物腸道、糞便、酒曲、窖泥、發(fā)酵液、菌劑、食品等；
樣品形式：環(huán)境樣品、基因組DNA、PCR產(chǎn)物；
方案設(shè)計：根據(jù)客戶提供的樣本（環(huán)境樣本、基因組DNA、PCR產(chǎn)物）及需要檢測的微生物多樣性類型（細(xì)菌、古菌、真菌），利用Roche 454測序平臺對目的片段進(jìn)行高通量測序，并對測序結(jié)果進(jìn)行生物信息學(xué)的分析。
MiSeq 高通量測序平臺
Illumina公司開發(fā)的MiSeq測序儀，它是Illumina公司于2011年2月推出的小型測序平臺，是一臺內(nèi)置簇生成和數(shù)據(jù)產(chǎn)生的測序儀，具有測序速度快，數(shù)據(jù)準(zhǔn)確的優(yōu)點，可實現(xiàn)300bp×2的測序長度，具備革命性的便捷流程。
性能參數(shù)：
| 讀長 | 時間 | 總數(shù)據(jù)量 | Q30 |
| 1×36 | ~4hrs | 540-610 Mb | ﹥90% |
| 2×150 | ~24 hrs | 4.5-5.1 Gb | ﹥80% |
| 2×250 | ~39 hrs | 7.5-8.5 Gb | ﹥75% |
| 2×300 | ~65 hrs | 13.2-15 Gb | ﹥70% |
| 應(yīng)用：微生物多樣性分析、宏基因組測序、轉(zhuǎn)錄組de novo測序、微生物基因組測序、小RNA測序、表達(dá)譜、ChIP-Seq | |||
環(huán)境微生物群落多樣性分析，基于Roche 454 FLX +、IlluminaMiSeq等第二代高通量測序平臺，對核糖體RNA高變區(qū)域，比如16S/18S/ITS等序列；或功能基因，比如細(xì)菌和古菌的氨氧化酶基因進(jìn)行測序，揭示環(huán)境樣品中眾多不同類型微生物種類以及它們之間的相對豐度和進(jìn)化關(guān)系。探討微生物多樣性，對于研究微生物與環(huán)境的關(guān)系、環(huán)境治理和微生物資源利用有著重要的理論和現(xiàn)實意義。
優(yōu)勢
★ 采用定向測序技術(shù)，避免了非定向測序造成的數(shù)據(jù)冗余，能充分利用每條有效序列，且便于后期的菌群分類處理。
★ 開發(fā)了一套穩(wěn)定的多樣本平行測序?qū)嶒灧桨福⒔鉀Q了樣本間數(shù)據(jù)量不平衡的技術(shù)難題，一次可實現(xiàn)200個樣品的平行測序。
★ 環(huán)境微生物群落多樣性分析有Roche 454 FLX +和Illumina MiSeq兩種高通量測序平臺可供選擇，根據(jù)不同的測序要求提供不同的解決方案。
★ 眾多的成功案例，使寶杰羅生物在環(huán)境微生物群落多樣性測序及分析方面處于國內(nèi)地位。
技術(shù)路線
生物信息分析流程
研究內(nèi)容
1. 數(shù)據(jù)統(tǒng)計分析
2. 數(shù)據(jù)根據(jù)Barcode信息回歸樣品
3. OTU（Operational Taxonomic Units）聚類
4. 稀釋性曲線（Rarefaction Curve）
圖2 稀釋性曲線
5. 分類學(xué)分析（Silva數(shù)據(jù)庫）
6. 菌群多樣性、豐度和測序深度指數(shù)計算
7. 多樣品間兩兩sharedchao、sharedace指數(shù)計算
8. 組間顯著性差異分析
9. 群落結(jié)構(gòu)分析
圖 3單樣品群落結(jié)構(gòu)餅圖 圖 4多樣品群落結(jié)構(gòu)柱狀圖
10. 分類學(xué)樹狀圖
圖 5單樣品分類學(xué)樹狀圖 圖 6多樣品分類學(xué)比對樹狀圖
11. 多樣品相似度比對
圖 7 多樣品相似度比對樹狀圖 圖 8 多樣品相似度比對heatmap圖
12. 樣品OTU分布比較
圖 9樣品OTU分布比較Venn圖
13. PCA（Principal component analysis）分析
圖 10 PCA分析
14. Weighted and unweighted unifrac PCA分析
圖 11 Weighted unifrac PCA分析
送樣要求 1
1. 樣品類型： DNA
2. 樣品需求量：≥500ng
3. 樣品濃度： ≥10ng/μL
4. 樣品純度：OD260/280=1.8-2.0并確保DNA無降解
5. 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時請使用冰袋或干冰運輸。
送樣要求 2
1. 樣品類型： PCR產(chǎn)物
2. 樣品需求量：≥100ng
3. 樣品濃度： ≥5ng/μL
4. 樣品純度：OD260/280=1.8-2.0并確保PCR產(chǎn)物無降解
5. 樣品保存期間切忌反復(fù)凍融，送樣時請使用冰袋或干冰運輸。
請加微信（wx25178776)并掃描下方寶杰羅公司微信公眾號，會陸續(xù)推出相關(guān)講座。
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