高通量棉拭子DNA提取試劑盒

此UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit于裂解釋放低微生物豐度和含極少抑制因子棉拭子、紙張或濾紙等樣品中微生物細胞的DNA，供直接PCR擴增做元基因組學分析。非DNA提取試劑盒。

操作預覽

把樣品加入到96孔珠磨研磨板進行充分均質化。細胞在機械和化學雙重作用力下裂解。釋放的DNA可直接用于PCR擴增、第二代測序等其它下游應用。

深入研究

圖片1. PCoA圖顯示根據不同清潔方案標記顏色的樣品的分布情況。 使用96孔棉拭子DNA直接PCR試劑盒（UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit） 釋放從健身器材收集的棉拭子的DNA。每個點代表一個樣品，3個不同顏色代表三種不同清潔方案：噴霧清潔劑（藍點）、清潔濕巾（紅點）以及不定期清潔（綠點）。分組顏色點從質量上顯示設備的清潔程度如何影響樣品的組成。在隨后的繼續采樣研究中進一步說明設備清潔對微生物多樣性結構的顯著影響。

圖2. 使用 UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit 制備的DNA直接qPCR擴增。 用無菌滌綸拭子收集過夜的大腸桿菌培養物沉淀，通過96孔棉拭子DNA直接PCR試劑盒（UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit）釋放DNA于500μL體積溶液中。取1μlDNA釋放原液及原液的10倍稀釋溶液用Bact/Pro引物作16s qPCR擴增。剩余DNA釋放原液使用MO BIO的SwiftMag® 磁珠技術通過Thermo Scientific KingFisher® Duo自動處理系統純化。DNA純化洗脫至50μl （相當于對DNA原始釋放液10倍濃縮）。取1μl濃縮DNA及濃縮DNA的10倍稀釋液按上述方案作qPCR。1μlDNA釋放原液的Cq值與純化濃縮又被10倍稀釋的DNA的Cq值相近，表明在DNA釋放和純化過程中沒有DNA損失。此外，結果還表明，對于不含抑制因子的樣品，使用96孔棉拭子DNA直接PCR試劑盒（UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit）釋放的DNA純度足夠用于qPCR。

圖片3. 微生物在給定時間內的分類總結圖示。 使用96孔棉拭子DNA直接PCR試劑盒（UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit）釋放從健身器房啞鈴上收集的棉拭子DNA。在微生物門分類水平對某個啞鈴進行為期三天的追蹤。檢測到的門類包含放線菌（紫色）、桿菌（藍色）、藍藻（棕色）、厚壁菌（綠色）、變形菌（粉色）和"其他"細菌（黃色）。

圖片4. 兩天內健身房長凳的β多樣性圖。 使用96孔棉拭子DNA直接PCR試劑盒（UltraClean®-htp 96 Well Swab DNA Kit）釋放從健身房長凳上收集的棉拭子DNA。Unifrac distances用于確定，在特點時間段內，不同時間點之間的差異。從零分計時，以隨著時間推移多樣性改變數據繪圖。

*Data courtesy of Mariah Wood1, 2, Jarrad Hampton-Marcell1, and Jack Gilbert1, Argonne National Laboratory1, Argonne, IL and Weinberg College of Arts and Sciences, Northwestern University, Evanston, IL2.

提取棉拭子RNA

PowerMicrobiome RNA Isolation Kit專門設計用于快速簡便提取富含PCR抑制因子樣品的總RNA。使用這款試劑盒提取棉拭子，可把棉拭子直接放入含有650μl PM1/βME Solution的Bead Tube中。若棉拭子之前是冷凍保存的，請確保在放入到Bead Tube前沒被化凍。樣品的反復凍融會破壞細胞，并釋放大量RNase到樣品中。樣品一拿出冰箱就直接放入到緩沖液中。在緩沖液中攪動棉拭子，靜置數分鐘以釋放細胞到溶液中。如果棉拭子的頭部可以弄下來，就把它留在研磨管中。否則對著管壁盡可能把棉拭子中的水分擠壓出來，跟著說明書余下步驟操作。

棉拭子的保存

最近問棉拭子保存方法的比用哪款試劑盒要多?？蛻魰柕綇牟蓸拥竭\送回到實驗室前，應該加入什么樣的緩沖液來保存棉拭子。"是什么都不要加"，這個答案或許讓很多人感到驚訝。

科羅拉多大學Rob Knight實驗室在國家科學院（PNAS）發布的一項關于儲存條件對皮膚棉拭子細菌群落多樣性影響的研究。報告中用濕潤的無菌棉拭子擦拭皮膚表面后立刻置于-20℃或-80℃冷凍保存，或放在15ml 圓底Tube管自然干燥。樣品靜置3至14日后提取細菌DNA。隨后的分析結果表明，幾種不同的保存條件下的棉拭子細菌多樣性幾乎沒有差異。對于距離冰箱很遠的采樣地點，未來要提取棉拭子DNA的你，可以松一口氣了。

棉拭子是個好用的東東

你會發現，就算MOBIO名字上不帶"棉拭子"，他們仍適合提取棉拭子樣品。若你不確定該用哪款盒子，先想想抑制因子和細胞類型。而且你不需要用任何昂貴緩沖液保存棉拭子。

(1)Forensic identification using skin bacterial communities皮膚細菌群落輔助法醫學鑒定
Noah Fierer, Christian L. Lauber, Nick Zhou, Daniel McDonald, Elizabeth K. Costello, and Rob Knight PNAS, Apr 2010; 107: 6477 – 6481.

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