原料（活羊）本身攜帶大量細菌
健康的活羊組織內部是無菌的，但是其腔道及體表都存在微生物，屠宰過程在空氣中進行，因此，宰殺、放血、脫毛、去皮及內臟、分割等環節就可造成微生物的多次污染。常見的污染類群如下：
1、腐生性微生物；
2、病原性微生物（獸醫馬虎、漏檢時），如結核桿菌、布魯氏菌、沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、炭疽桿菌等；在沖洗車間可以被洗掉部分，但是還有大量殘留。
工人生產過程中的細菌滅殺
目前，羊的屠宰與加工工藝已經逐漸步入規范化軌道，向規模化、機械化方向發展，對于車間環境的消毒更嚴格。由于，羊肉食品的安全是一個系統工程，環節眾多，控制過程復雜，這就要求工作人員利用先進的殺菌技術控制整個生產過程的微生物，熟練掌握基本操作技能，才能生產出安全、綠色的羊肉。才能保證向消費者提供更優質的羊肉及其他羊產品。
這樣，在羊胴體的分割車間必須要求在工人上班的時候利用動態殺菌技術，在工人下班的時候有臭氧或紫外線殺菌；保證車間環境時時不間斷滅菌。
生產環節的交叉污染
1、化學藥物的殘留，如車輛進入屠宰場時所使用3%的火堿消毒、羊圈的過氧乙酸來消毒、地面的二氧化氯消毒等等，都有可能殘留；
2、屠宰、分割刀具的消毒不徹底，或化學制劑的殘留；
3、中央空調系統的二次污染，在空調的串聯下，雕肛、出腔、出白臟、白臟檢驗、出紅臟、紅臟檢驗、修整、沖刷等車間都有可能形成二次污染；
4、下水道系統形成的污染，主要是由于下水道設計不合理，倒其形成；
5、人員的相互交叉感染，由于工作人員消毒不徹底或亂串崗位歸來后消毒不徹底造成。
