大多數食用菌極易被綠霉所污染，污染后嚴重影響其外觀和質量，甚至造成蘑菇菌絲體或子實體生長不良或死亡。現將其防治方法簡談如下：
（1）播種后要及時檢查菌種塊，發現有綠色菌落，立即挖除并再次消毒，然后補上新種塊。
（2）生產環境不清潔，空氣中的病菌孢子會乘機而侵。生產中的菌絲愈合及定植或采菇時，應及時、適時（用藥）、徹底做好清境工作。
（3）病菌孢子喜歡高溫、高濕環境，盡量選擇低溫、干燥的季節栽培。挖瓶壓塊后，可用塑料薄膜覆蓋，通氣適時、適量，注意降濕（相對濕度85%以下）、降溫（20℃以下）。
(4)生產中嚴防甲醛過量施用，否則，甲醛變成甲酸，形成病菌喜歡的酸性環境。室內撒施石灰粉，創造病菌不易成活的堿性環境。（一般pH>7）。
（5）多雨年份或季節，要特別注意通風降濕，勤翻堆。堆垛面積和距離應適當加大，減少感染。
（6）后期塑料薄膜不易揭開過早。以免愈合中的菌塊受侵。
（7）菌塊出現綠霉后，應及時用40%多·硫懸浮劑或50%多菌靈可濕性粉劑800倍液擦洗。
（8）采菇時，除了做好消毒工作外，還應注意輕扯，以免菇根受傷害，從而加大病菌感染機會。
（9）病菌孢子靠氣流傳播，采菇后，及時把死菇、老根挑除干凈，摧毀病菌的繁殖生長基地。
