灰霉病病菌可形成菌核在土壤中或以菌絲、分生孢子在病殘體上越冬。分生孢子可隨氣流及雨水傳播蔓延，農事操作也會成為重要傳播途徑。防治灰霉病必須認真執行土傳病害的各項綜防措施，同時還必須搞好生態防治與及時清除病源工作。
化學防治灰霉病與菌核病，可用同一種藥物。目前，比較有效的藥劑有50%的天達霉腐利800倍、50％農利靈1000倍、50％撲海因800倍、50％多霉靈800倍、65％甲霉靈1000倍、14％施佳樂600-800倍、40％百可得1500倍、40％菌核凈3000倍、50%凱澤1500倍。
使用上述任何一種農藥時，與天達2116加天達有機硅3000倍混配，效果更佳。
需要說明的是，施用菌核凈時很容易發生藥害，原因有二：一是使用濃度過大，尤其是使用倍數在1500倍以下時最易發生藥害；二是中午用藥，溫度過高，藥害容易發生。因此，應按照正確使用濃度，在下午用藥。
遇低溫陰雨雪天氣時，棚內蔬菜不宜噴霧防病。因為噴霧只會增加棚內濕度，于防病無益。可改用速克靈煙霧劑，每畝用300克為好，或速克靈粉塵劑，每畝用1公斤為好。
如果菌核病在蔬菜莖稈基部發生，應用菌立滅混加霉唑啶噴淋灌莖基部。
