紅薯在貯藏中常發生爛窖造成損失。紅薯發生爛窖的主要原因有以下六點：
1.濕害 濕害以井窖發生較多，貯藏初期，外界氣溫高，薯塊呼吸旺盛，薯堆內水汽上升，在薯堆表面冷時凝結成水珠，薯塊受濕害而腐爛。
2.干害 干害是由于窖內濕度低，薯塊細胞原生質失水，造成生理萎縮，引起酶的活動失常，容易糠心或潰爛。
3.凍害 凍害是指溫度降到-1~-2℃時，薯塊內部細胞間隙結冰，使組織破壞而發生。
4.冷害 一般是由于收獲晚，或收獲后不及時運回貯藏放在地里過夜而受冷空氣侵襲。另一原因是薯窖保溫或保管不善而受冷害，根據試驗一般造成冷害的溫度和時間是窖溫8~9℃為10天，窖溫5~6℃為6天，2~3℃為3天，都可給薯塊造成冷害。
5.病害 紅薯在貯藏期造成的病害主要有干腐病、軟腐病、黑斑病和線蟲病。舊窖未經徹底消毒處理，貯藏期間管理不善等等都會引起病害的發生和蔓延。在貯藏前可用硫黃熏窖或用甲醛與高錳酸鉀混合液密閉熏蒸。
