孵化廠應建有專用蛋庫，以妥善保存種蛋。蛋庫要求清潔、無灰塵、隔熱性能好，通風防濕，避免日光直射和穿堂風，無蚊蠅和鼠害等。在生產中，還可利用地窖、地下室來保存種蛋，有條件的種雞場可在蛋庫內安裝空調器。
蛋庫內的溫、濕度對種蛋保存至關重要。雞胚發育的臨界溫度為23.9℃，庫溫超過臨界溫度雞胚就會開始發育，但因溫度不足不能滿足代謝需要而很快死亡；庫溫低于10℃，孵化率就會降低，低于0℃時種蛋就會因受凍而失去孵化能力。因此，保存種蛋最適宜的溫度是：保存一周以內以15℃左右最好，一周以上以12℃為宜。為防止蛋內水分蒸發，蛋庫內相對濕度應保持在75%-80%.室內還應注意通風，使室內無特殊氣味。種蛋保存一周內不需翻蛋，超過一周則每天要以45度角翻蛋1-2次，防止胚胎與蛋殼發生粘連。
另外，種蛋保存期間不要洗滌，以免蛋殼表面的膠護膜被溶解破壞，加速蛋的變質。
