生命體的任何不舒適或不正常皆可稱為疾病，包括病原的感染，環境水土的不適應，營養供應的缺失或不平衡，及遺傳的缺陷或組織細胞的異常等，它們之間可能會相互影響，互為因果。
疾病發生的主要原因：
1.不良的環境因素：
（1）放養密度過高。
（2）魚池不清潔。
（3）高水溫。
（4）低溶氧。
（5）污染物質。
（6）水中懸浮微粒過多。
（7）篩選、移池、藥物的使用等人為因素。
2. 病原的污染
（1）由卵傳染。
（2）病魚、病媒或帶病原魚的傳染。
（3）水源、魚池內的傳染。
3. 魚健康條件的改變：
（1）營養不良。
（2）維生素或礦物質等微量元素缺乏或不均衡。
（3）幼苗期或性成熟期，抵抗力較弱。
預防管理：
疾病的發生有時很難避免，但良好的管理可減少疾病的發生與蔓延，疾病的預防管理除注意日常的喂飼、清池與篩選分池外，在每一個養成階段與季節氣候的變化更需特別注意某些容易發生的疾病，提早發現、提早處理，以減少損失。
1. 孵化器、飼養池等於使用前需先經清洗消毒，減少病原體等的污染殘留。
2. 孵化池水溫不要超過13℃，并小心藥物或重金屬等的影響，以免影響孵化率或提早孵化。
3. 上浮魚苗開食馴餌的時間不能太晚，以免因饑餓發生大小參差，殘食或發育不良形成大頭魚。
4. INP和IHN易感染2月齡左右的稚魚，且會造成大量死亡，若不幸發生IPN或IHN時，需淘汰整批魚，消毒魚池，以免病毒殘存。
5. 春末水溫升高時，特別注意寄生 性與細菌性疾病的發生，尤其水溫於15℃以上時，特別小心三代蟲和小瓜蟲病的爆發，及早處理，以減少損失。
6. 夏日高水溫期需降低放養密度減少喂餌量，小心鰓病或其他細菌性疾病發生。
7. 冬日水溫低，代謝減少，避免喂飼太多，尤其於寒流前後或日夜溫差大時。
8. 暴雨、梅雨季時，特別注意水質變化，提早處理，預防鰓病發生。
9. 流行病後的活存魚，抵抗力弱，成長緩慢，易發生疾病，需特別注意水質的維護與維生素的補充。
