預濕不充分 麥秸、稻草應充分浸泡，以利發酵。浸泡不充分的麥秸、稻草翻堆時需大量補水，在兩次翻堆之前不能補足水分的不但以后很難補足水分，而且還會影響菌絲的生長。
翻堆不勻 翻堆時應按“生料放中間，熟料放兩邊；中間的放兩頭，兩頭的放中間”的原則。但很多人翻堆時不遵循上述原則，以致培養料發酵不勻，達不到翻堆的目的。
采土不合要求 有些栽培戶覆土時采用未經消毒處理的菜園土，有的則添加未充分腐熟的牛糞。這樣的營養土中帶有大量病菌和蟲卵，容易引發多種病蟲害，給生產帶來損失。
覆土時添加尿素新的栽培戶容易習慣性地把蘑菇栽培和其他作物種植等同起來，覆土時添加尿素，造成氨味過重，導致菌絲死亡。
噴施 “關門水” 在蘑菇栽培前期高溫時噴施“關門水”會造成高濕環境，引起冒菌絲及幼菇死亡等現象，后期噴施“關門水”則容易使菌絲退化、早衰。
