根據蛋白質的分子組成，蛋白質可分為兩類：
簡單蛋白質：僅含有氨基酸的蛋白質；
結合蛋白質：由氨基酸和非蛋白質成分組成。結合蛋白質中的非蛋白質成分稱為輔基。
根據輔基的不同可將結合蛋白質分為：
核蛋白：如核糖體蛋白，
脂蛋白：如高密度脂蛋白，
糖蛋白：如血漿粘蛋白，
磷蛋白：如酪蛋白，
血紅素蛋白：如血紅蛋白，
金屬蛋白：如醇脫氫酶。
根據蛋白質的空間形狀可分為：
纖維蛋白：膠原蛋白、角蛋白、彈性蛋白、絲心蛋白；
球蛋白：溶菌酶；混合蛋白：肌動蛋白等。
根據蛋白質的功能性質分類：結構蛋白，生物活性蛋白，食品蛋白。
