一.無機化合物的熒光分析
無機化合物除了鈉鹽等少數例外，一般不顯示熒光。但很多金屬或非金屬離子可以與一有p電子共軛結構的有機化合物形成有熒光的化合物后，用熒光法測定：
1. 直接分析法：形成配（鰲）合物
元素：Al、Au、B、Be、Ca、Cd、Cu、Eu、Ga、Ge、Hf、Mg、Nb、Pb、Rh、Ru、S、Se、Sn、Si、Ta (鉭)、Th(釷)、Te、W、Zn、Zr 等。
常用有機熒光試劑：8-羥基喹啉，安息香、茜素紫醬R，黃酮醇，二苯乙醇酮等。
二. 有機化合物的熒光分析
熒光分析法主要應用于有機物、生化物質、藥物的測定（200多種）；包括
有機化合物如：多環胺類、萘酚類、吲哚類、多環芳烴、氨基酸、蛋白質等。
藥物如：嗎啡、喹啉類、異喹啉類、麥角堿、麻黃堿 等。
維生素如：維生素A、B1、B2、B6、B12、E、C、葉酸 等。
甾體、抗生素、酶、輔酶 等。
常見熒光試劑：熒胺 → 脂肪族或芳香族伯胺類；
鄰苯二甲醛(OPA) →伯胺類及大多數氨基酸；
NBD → 伯及仲類氨基酸，尤其是脯氨酸。
三. 基因研究及檢測
遺傳物質的脫氧核糖酸 (DNA), 自身的熒光效率很低 , 一般條件下幾乎檢測 不到 DNA 的熒光 .因此 , 常選用某些熒光分子作為探針 , 通過探針標記分子 的熒光變化來研究 DNA 與小分子及藥物的作用機理 , 從而探討致病原因及篩選和設計新的高效低毒藥物 。目前 , 典型的熒光探針分子為溴化乙錠 (EB)。此外也使 用 釘的配合物等 .在基因檢測方面 , 已逐步使用熒光染料作為 標記物來代替同位素標記 , 從而克服了同位素標記物產生的污染、價格昂貴及難保 存等的不足 。
