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上火
花椒性溫，味辛，因此用花椒沖泡的花椒水也性溫，如果一些體質燥熱的人群喝了過多的花椒水，會出現燥熱之氣蓄積在體內的情況，嚴重會出現上火的可能，有口舌干燥、咽喉不適、總想喝水等癥狀出現。
便秘
花椒水雖然有大量的水分，但是其中的燥熱之氣很重，食用會影響腸道的滑利性，長期飲用大量的花椒水，有腸燥便秘的可能性，對于本身腸澀便秘的人群而言不能飲用花椒水，會加重不適。除此之外腸動力不佳的人群和懷孕的人群都不建議食用過多的花椒水。
導致炎癥
花椒水味辛，含有豐富的刺激性成分，會刺激口腔粘膜，加重口腔潰瘍的情況，嚴重甚至會導致炎癥，如果咽喉本身不舒服，也有導致咽喉炎的可能性，因此不建議食用過多的花椒水。
影響肝臟和身體健康
花椒有小毒，不能大量食用。因為花椒中含有香樟素，有一定的毒性，少量食用影響不大，但是大量食用會刺激肝臟，導致肝臟功能受損，嚴重甚至有支氣管出血、呼吸障礙的情況出現，食用過多花椒水會影響身體健康。
